Bom dia Cimerio7.
O comando que você está usando (#IfWinActive, não confundir com IfWinActive) cria
hotkeys condicionais, ou seja, nenhum código delas executa se a condição não estiver presente. A condição que você está usando no caso é um nome de janela. Se a janela ativa atual não tiver esse nome, nenhum código da hotkey será executado.
Vejo que deu certo pra você com o WhatsApp porque a janela dele deve ter este nome (ou pelo menos uma parte dele dependendo da condiguração SetTitleMatchMode). Só que quando você usa o #IfWinActive ele filtra tudo o que não satisfaz à condição, então usar o comando duas vezes não vai levar a duas possibilidades de ativação do código e sim à tudo ser filtrado (pois não tem como uma janela ter dois nomes ao mesmo tempo).
Em relação ao uso do nome de janela Google Chrome, eu verifiquei com o Window Spy (ferramenta embutida do AutoHotkey que você acessa clicando com o botão direito no ícone de H verde sempre que um script esteja em execução) que o nome da janela do Google Chrome varia de acordo com a aba ativa. Então não creio que seja uma boa ideia usar o nome de janela nesse caso (a não ser que você realmente esteja planejando pelo nome da aba). Uma outra opção então é usar a
classe de janela que você pode indiciar escrevendo
ahk_class Chrome_WidgetWin_1 (essa é a classe da janela do chrome que aparece para mim, mas você tem que verificar se a sua também é essa com o Window Spy).
Outra opção que você tem, se quiser deixar a hotkey ativa "somente em 2 janelas" é usar o IfWinActive no lugar do #IfWinActive. Ao invés de criar uma hotkey condicional, o IfWinActive cria uma condicional para um bloco de códigos. Então o que você faria seria escrever o código a ser ativado em cada caso de janela ativa em blocos diferentes dentro da mesma hotkey (opcionalmente escrevendo um return para qualquer outro caso).
Se tiver alguma dificuldade de implementar qualquer das opções descritas acima ou precisar de maior esclarecimento, basta postar abaixo